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诏令下达，毋缺国玺，然而国玺早在刘伉占据千秋宫时就已经消失，没有国玺，无法制诏。
随荥阳王夫妇在宫中休养的刘元乔得知国玺失踪后，也怀疑是梁夫人盗走。既不在宫中，能让梁夫人藏东西的便只有一处，于是她暗示刘遂往梁园暗室寻一寻，刘遂派了亲信前去，结果当真在暗室的地砖下寻到了国玺。
有了国玺，许多善后之事就变得容易且迅速起来。
刘遂监国后做的第一件事就是清理刘伉的同党，与刘伉合谋的虎贲军、南阳郡以及同昌郡铁定是逃脱不了的，但刘遂为收復千秋宫，曾说如果虎贲军中有人愿意弃暗投明，便从轻发落，在他进入千秋宫后，虎贲军中当真有不少人相助，又念及叛军中许多人都是被迫同谋，刘遂便命廷尉仔细审讯，情有可原者可免一死，但也决不可放过真正有反叛之心之人。
处理了同党后，就是论功行赏。可还未来得及行赏，干武帝便病危，刘遂隻好搁下手中的事务彻夜不眠照顾了两日，两日后，天子驾崩，举国哀丧。
干武帝驾崩之前为刘遂留下了两道遗诏，一道曰国不可一日无君，命其灵前即刻继位，第二道是立后诏书，命太子继位后立太子妃郑媞为后，且生死一后，永不可废。
第二道诏书十分耐人寻味，朝野皆知干武帝并不满意郑媞这个太子妃，但驾崩之前又特意留下立郑媞为后的诏书，且强调永不可废，着实令人捉摸不透其中之意。
别人不明白，刘元乔却知道，因为这道诏书是干武帝授意她所写。在生命里的最后一个时辰，干武帝曾回光返照过，他将刘遂和刘元乔二人单独留在身侧，亲笔写下了第一道诏书，又口授刘元乔写下第二道诏书。
至于为何要留下第二道诏书，干武帝说，“朕还是太子的时候就嫉妒你的父王，嫉妒他母后尚在，不用时刻提心吊胆，担心人走茶凉。后来朕终于当了皇帝，朕以为自己赢了，终于可以不用将你父王放在眼中，可渐渐的，朕发现自己还是嫉妒他，当了皇帝啊，父不父，兄不兄，子不子，朕现在明白了，皇位才是对一个人最为沉重的惩罚，所以朕要你灵前继位，朕还要替你写下封后诏书，你要立郑媞为后，并且永远不许废后，她是你此生唯一的皇后，她的儿子就是大魏储君，来日你若后悔她的身世血脉，哈哈哈哈哈，有了朕的遗诏，你就后悔不了了！”
刘元乔并不想写下这样一封诏书，这哪里是诏书，分明是亲生父亲对自己儿子最狠毒的诅咒，天下怎会有这样的父亲。
是刘遂让她遵从帝命，刘遂说，“父皇要以皇位惩罚儿臣，以此诏书诅咒儿臣，但是不是惩罚，是不是诅咒，都由儿臣自己决定。儿臣谢父皇予儿臣天下权柄，从今往后儿臣便可用这权柄保护自己想保护的人，儿臣更谢父皇留下立后诏书，来日若有人要以身世质疑阿媞，儿臣便可以先帝遗命堵住悠悠众口。请父皇放心，儿臣会好好治理大魏，有朝一日，它一定会变得同父皇您治下之时，不一样。”
刘遂一番话说得刘元乔神清气爽，刘元乔全然不顾干武帝铁青的脸色，痛快地写了诏书，“皇伯父，您特意要阿乔来执笔，阿乔明白您心中算计，但，定不会如您所愿。”
无论有多么不甘，时辰到了，哪怕是帝王也不能够在人间滞留。
刘遂遵先帝遗命灵前继位，同一日诏封太子妃郑媞为后，同时追谥干武帝为“孝宪皇帝”，生母王皇后为“孝宪烈皇后”。
继位以后，刘遂继续论功行赏，在此拨乱反正之战中，魏长公主谋救东宫，与此前欺君代嫁功过相抵，荥阳王世子刘元嘉私逃在先，邕州求援在后，功过相抵，而邕州、关陇、晋阳出兵勤王有功，各有封赏，这些赏罚都有理可循，所以并不难办，难的是丞相蒋名仕的赏罚。
蒋名仕非忠臣、良臣，却又非奸臣，他位于这三者之间，令人捉摸不透。若说有功，他必然是有的，且功劳不小，可他此前为丞相之位也的确做过不少见不得光的事，就在刘遂头疼对蒋名仕的赏罚时，蒋名仕自己上表请辞相位，给出的理由是兵乱那日受伤，恐于辅政一道上力不从心，并向刘遂推荐了新的丞相人选，巧合的是，这位被推荐之人恰好就是刘遂属意之人。
他一请辞，刘遂反而不能准允，否则就会让人怀疑蒋名仕的行为在这一场动乱中有什么隐情。无论这位蒋丞相用了什么手段从汤籍手中夺得相位，但毋庸置疑的是，他在平定动乱中的功劳绝不掺假。最终刘遂决定对事不对人，否决了蒋名仕的请辞。
然而蒋名仕铁了心要离开，再三请辞，刘遂不得不将人召进宣政殿，二人不知道谈了些什么，最终新帝同意了蒋名仕的请辞，准许他以“亭乡伯”之位致仕。
论完功行完赏，便只剩下对一人的处理，那就是梁夫人。
其实除了两封明诏外，干武帝驾崩前还有一旨口谕，虽未成书，但也出自御口，他要梁夫人殉葬。
刘元乔养好了身子后，带着那瓶本该用在先皇后身上却没来得及用的药去寻了刘遂，她将药的来历告诉刘遂，刘遂便明白了她的意思。
“先帝要梁夫人殉葬，此事便交由你处置。”
梁夫人被软禁在鸾栖殿，见了刘元乔，她没有丝毫意外。
“吾还在想，你什么时候回来。”梁夫人一派从容，毫无惧色。