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朝沿袭明朝制度，在云南设承宣布政使司。滇南的元江府、普洱府等地，明代王朝势力尚未深入。清兵入滇，元江土知府那嵩抗清失败，顺治十七年1732年改设流官。雍正二年1724年威远改土归流，雍正九年1731年设置普洱府。雍正十年1732年设置他朗通判。[14]
雍正年间鄂尔泰推行“改土归流”，边疆部分地区仍保留土司制度。清代前中期对云南地区实施的府州升降、卫所裁并和改土归流等行政、疆域调整，在云贵地区系统地建立起中央行政管理和社会控制体系，并为外来移民的全面进入和深入开发创造了重要条件，对云南社会历史产生重大影响。[21]
雍正时期云南布政司领府23、直隶同知1、州31、土府、州各1，主要统治重心区域的行政设置基本沿袭前明，但土司、土官的建制数目比明代明显减少。[22]康熙六年1667年至嘉庆二十四年1819年间，云南地区有16个府级行政单位发生建置变动，调整面达到雍正朝全省府级数的667％。[23]雍正四年、五年1726、1727年，原隶四川的东川、乌蒙和镇雄三府经改土归流后分别划入云南，基本奠定了现代滇东北行政区划格局。[24]到嘉庆年间云南共领府14、直隶州4、直隶厅4。
乾隆朝对云南农业的开发[25]，保证了云南社会的稳定与经济发展，促进了云南人口的稳步增长。[26]清朝时期大量移民入滇，康熙朝开始在云南实行的“放本收铜”政策[27]，带动了交通业、商业等相关产业的发展。使汉文化在云南得到广泛和深入的传播，云南在政治、经济、文化等方面与中原结成一个整体。[16]
鸦片战争后，法国强迫清政府签订《中法会订越南条约》，将云南划为法国的势力范围，蒙自、蛮耗、河口等地被划为商埠，从领土主权、矿产开发到经济贸易等各个方面对云南边境进行侵略。[28]法、英两国对云南的强侵豪掠，使得云南边境告急。
咸、同年间，云南发生回民杜文秀起义，滇西、滇中、滇南均有战火。清朝末年，云南省为300余万两，岁出约需600余万，每年除由部库拨款及各省协济160余万元，尚不敷100余万。
1910年，滇越铁路全线通车，改善了云南对外交通运输条件，推动了云南经济尤其是矿业的发展。锡成为云南对外贸易的支柱产品，锡业代替铜业成为云南矿业的命脉，促进云南煤业的发展。矿业中心从滇东北地区转移到滇越铁路沿线地区，形成滇越铁路沿线矿业带，滇越铁路沿线矿业带也成为近代云南矿业最发达地区。但通过滇越铁路，法国滇越铁路公司获取了高额利润[29][30]。[31][32]
宣统三年1911年10月30日，发动了昆明起义重九起义，组建云南大汉军政府，同月27日、及11月1日先后爆发了腾越、滇南起义，三次起义都取得了胜利，全省迅速光复。
民国时期
主词条：护国运动、中国远征军、滇军
民国创立，省自为政，协饷停止，在民国初期及蔡锷任军都督时期，采取了一系列有效措施，开源节流，整顿财政。[28]民国四年1915年2月25日，蔡锷、唐继尧等领导发动了护国运动。民国十七年1928年，废道设省。民国政府对云南土司采取怀柔政策，并未进行强制性改土归流。[33]
民国十八年1929年，蒋介石任命龙云为云南省政府主席等，以龙云为首的云南地方实力派统治在云南确立。
抗日战争全面爆发后，云南成为全国抗战的大后方，是安置内迁企业和发展战时工业的基地，云南先后派出20万云南军队开赴台儿庄、武汉等前线抗战，投入10万多民工抢修滇缅公路。1942年，日军占领东南亚后，云南联结东南亚的滇越铁路、滇缅公路相继中断，云南对外贸易量锐减。云南作为战略物资的重要输入线，传统驿运有所恢复[34]。[35]缅甸沦陷后，开辟中印航空线，同时开筑中印公路。
1944年5月开始，中国军队浴血反攻，相继收复腾龙地区。
抗战胜利后，1945年10月，蒋介石免除龙云的云南省主席职务，龙云逃亡香港。[36]中共云南地方党组织全面开展了组织、发动民众，武装夺取政权的斗争，组建了“中国人民解放军桂滇黔边区纵队”。
新中国成立后
主词条：卢汉云南起义
1949年，在党的统一领导下，解放了61个县城，建立了14块根据地。同时，解放军野战军挥师南下。12月9日，卢汉率部在昆明起义，云南宣告和平解放。
1950年2月24日，云南完全获得解放。3月，云南省人民政府成立。
1951年3月，云南省第一个专区级民族民主联合政府宁洱专区成立。